پایگاه اطلاع رسانی ریسمان – ۵ مرداد ۹۹، زهرا صفایی پس از حضور در دادسرای اوین جهت بررسی روند پروندهاش بازداشت و به بازداشتگاه وزارت ۲۰۹ زندان اوین منتقل شد که نهایتا در روز دوشنبه ۶ مرداد از آنجا به زندان قرچک ورامین انتقال یافت.
زهرا صفایی به اتهام «همکاری با سازمان مجاهدین خلق ایران» در تاریخ ۵ اسفند ۹۸ توسط نیروهای امنیتی در تهران بازداشت و به بازداشتگاه وزارت اطلاعات موسوم به بند ۲۰۹ زندان اوین منتقل و در تاریخ ۸ تیرماه با تودیع قرار وثیقه ۳۰۰ میلیون تومانی به صورت موقت از زندان قرچک ورامین آزاد شده بود.